第01卷出版（日本）：1994年6月18日[2] ISBN 4-09-123371-6
1 现代的福尔摩斯（平成のホームズ，Heisei no Hōmuzu）
2 变成小孩子的名侦探（小さくなった名探偵，Chīsaku natta meitantei）
3 失去声援的名侦探（仲間はずれの名探偵，Nakama hazure no meitantei）
4 第6个的烟囱（6本目の煙突，Ropponme no entotsu）
5 另一个歹徒（もう一人の犯人，Mō hitori no han'nin）
6 迷糊侦探变成名侦探（迷探偵を名探偵に，Meitantei o meitantei ni）
7 沾血的青春偶像（血ぬられたアイドル，Chi nurareta aidoru）
8 和你相像的人（あなたに似た人，Anata ni nita hito）
9 不幸的误会（不幸な誤解，Fukō na gōkai）
对应动画版：
1 云霄飞车杀人事件（动画第1话）
2-5 董事长千金事件（动画第2话）
6-9 偶像密室杀人事件（动画第3话）
为了庆祝毛利兰获得东京都空手道大赛冠军，工藤新一和小兰去了游乐园，结果在云霄飞车上遇到了杀人事件，事件解决后，新一跟踪可疑的黑衣男子并目击了他们的交易，但被同伙从背后攻击，灌下实验中的毒药变成小孩。变成小孩后为隐藏身份化名江户川柯南，在阿笠博士的提议下，寄住在私家侦探毛利小五郎家中。之后又解决了董事长千金事件和偶像密室杀人事件。
汽车后备箱第02卷出版（日本）：1994年7月18日[4] ISBN 4-09-123372-4
10 好赚的跟踪（割のいい尾行，Wari no ii bikō）
11 完美的不在场证明（完璧なアリバイ，Kanpeki na aribai）
12 照片说话了（写真は語る，Shashin wa kataru）
13 行踪不明的男子（行方不明の男，Yukue fumei no otoko）
14 可怜的少女（かわいそうな少女，Kawaisō na shōjo）
15 追踪高大的男子（大男を追え!，Ō otoko o oe!）
16 象恶魔一样的女人（悪魔のような女，Akuma no yō na onna）
17 恐怖的鬼屋（恐怖の館，Kyōfu no yakata）
18 消失的孩子们（消える子供達，Kieru kodomo-tachi）
19 地下室的恶梦（地下室の悪夢，Chikashitsu no akumu）
对应动画版：
10-12 红鬼村火祭杀人事件（动画第38话）
13-16 奇怪的寻人事件（动画第13话）
17-19 鬼屋杀人事件（动画第20话）
毛利小五郎接到委托去跟踪一名男子，任务完成的第二天却发现了那名男子烧焦的尸体，最大的嫌疑
人却有着完美的不在场证明……毛利小五郎接到一个女孩广田雅美的委托去寻父亲，到后第二天他竟吊死在家里，还发现有另一名侦探接到了同样的委托……柯南和他的小学同学去一间闹鬼的屋子探索，接连发生奇怪的事情，原来有人还住在那里……
第03卷出版（日本）：1994年10月18日[5] ISBN 4-09-123373-2
20 旗本家一族（籏本家の一族，Hatamoto-ke no ichizoku）
21 密室的秘密（密室の秘密，Misshitsu no himitsu）
22 遗产的去向（遺産の行方，Isan no yukue）
23 一族灭门（一族抹殺，Ichizoku massatsu）
24 黑暗中的杀手（暗闇の仕掛人，Kurayami no shikakenin）
25 无法实现的梦（かなわぬ夢，Kanawanu yume）
26 来路不明的赠礼（奇妙な贈り物，Kimyō na okurimono）
27 同一人物（同一人物，Dōitsujinbutsu）
28 8月3日之谜（8月3日の謎，Hachi-gatsu mikka no nazo）
29 千钧一发（眼前セーフ，Ganzen sēfu）
对应动画版：
20-25 豪华客轮连续杀人事件（动画第22-23话）
26-29 每月一件礼物威胁事件（动画第7话）
假日里，小五郎、小兰和柯南上了即将举行婚礼的旗本家的豪华客船，不料发生了杀人事件，新郎成为了嫌疑人被家人关了起来，但是接下来又发生了第二起杀人事件……一名外科医生从两年前开始每月都收到未署名的钱和使用过的玩具，于是小五郎求助……
第04卷出版（日本）：1995年2月18日[6] ISBN 4-09-123374-0
30 盔甲骑士（甲冑の騎士，Kacchū no kishi）
31 遗书之谜（ダイイング・メッセージ，Daīngu messēji）
32 原子笔之谜（書けないペン，Kakukenai pen）
33 风声跃起的二人组（はちあわせた二人組，Hachiawaseta futarigumi）
34 特车厢上的四个人（グリーン車の四人，Gurīn-sha no yonin）
35 倒数10秒的恐怖（ラスト10秒の恐怖，Rasuto jū byō no kyōfu）
36 意外的藏宝图（暗号表入手!!，Angō hyō nyūshu!!）
37 译解暗号的ABC（暗号解読のABC，Angō kaidoku no ABC）
38 解答与另一个解答（答えもうひとつの答，Kotae to mō hitotsu no kotae）
39 发光的鱼之谜（光る魚の正体，Hikaru sakana no shōtai）
对应动画版：
30-32 美术馆杀人事件（动画第8话）
33-35 新干线大爆破事件（动画第5话）
36-39 大都会暗号地图事件（动画第4话）
美术馆的保安在晚上看见中世纪的铠甲走动，兰为了知道真相而和小五郎、柯南一起去了美术馆，却发生杀人事件，通过监控录像看到穿着铠甲的犯人模仿一副画的场景杀人……柯南在新干线列车上看到了黑衣人，于是装了窃听器，听到了他们炸新干线的计划……柯南和同学们偶然获得了一张暗号，怀疑是藏宝图，于是在东京到处寻暗号上的地点，到后却落入意大利的强盗团手中……
第05卷出版（日本）：1995年4月18日[7] ISBN 4-09-123375-9
40 裹着绷带的怪男子（怪人...包帯の男， hōtai no otoko）
41 第一个受害者（第一の犠牲者!，Daīchi no giseisha!）
42 面临危机的小兰（蘭ピンチ!，Ran pinchi!）
43 暗夜的袭击（暗闇の襲撃!，Kurayami no shūgeki!）
44 杀人魔的真面目（殺人鬼の正体!，Satsujinki no shōtai!）
45 卡拉OK杀人事件（カラオケ殺人!，Karaoke satsujin!）
46 是他杀还是自杀（自殺か他殺か?，Jisatsu ka tasatsu ka?）
47 隐藏在歌曲内的谜团（歌に秘められた謎，Uta ni himerareta nazo）
48 擦肩而过的两人（すれちがい...，）
49 陌生的访客（見知らぬ来訪者。，Mishiranu raihōsha.）
50 逃脱、寻线、追踪三部曲（脱出そして追跡。，Dasshutsu soshite tsuiseki.）
对应动画版：
40-44 山庄绷带怪人杀人事件（动画第34-35话）
45-48 啦OK厅杀人事件（动画第42话）
49-51 江户川柯南诱拐事件（动画第43话）（未完）
柯南和小兰来到铃木园子的别墅，别墅内正有园子的的大学同学聚会，他们看到了裹着绷带的男子，接下来又发现了其中一人被分尸的尸体……园子获得和超人气组合REX一起唱卡拉OK的机会。小兰和柯南也受邀一同前去，REX的主唱木村达也唱完后却被毒死了……一位自称柯南母亲的女人来到毛利侦探事务所，将柯南带走并，她竟然知道柯南的真实身份……
第06卷出版（日本）：1995年7月18日[8] ISBN 4-09-123376-7
51 面具下的真相（仮面の下の真実，Kamen no shita no shinjitsu）
52 3名拜访者（三人の訪問客?，San'nin no hōmonkyaku?）
53 3人的不在场证明（三人のアリバイ，San'nin no aribai）
54 电话答录机之谜（留守番電話の謎，Rusuban denwa no nazo）
55 柜子的秘密（タンスの言葉，Tansu no kotoba）
56 少年侦探队成军（結成!少年探偵団，Kessei! Shōnen tantei-dan）
57 谜样的两兄弟（ナゾの兄弟，Nazo no kyōdai）
58 尸体消失之谜（動く死体の謎，Ugoku shitai no nazo）
59 祭典之夜（祭りの夜，Matsuri no yoru）
60 无懈可击的不在场证明（アリバイは完璧!?，Aribai wa kanpeki!?）
对应动画版：
51 江户川柯南诱拐事件（动画第43话）（续）
52-55 古董收藏家杀人事件（动画第16话）
56-58 消失的尸体（动画第15话）
59-60 天下第一夜祭杀人事件（动画第9话）（未完）
小五郎去一位古董收藏家的家里交外遇调查报告，委托人中途离开，然后被杀，墙上、家具上甚至天花板上划满刀痕……元太和柯南他们组成少年侦探团，接到的第一个案件是寻猫咪，随后从窗户看到一户人家的浴室里有尸体，报警后等警察赶到尸体却消失了……柯南、小兰、小五郎去参加天下第一夜祭，中途遇到一位男子请求帮忙拍照，随后警察将这位男子以杀人事件嫌疑人的身份带走，但他却有完美的不在场证明……
第07卷出版（日本）：1995年11月18日[9] ISBN 4-09-123377-5
61 照片内的陷阱（写真のワナ，Shashin no wana）
62 月影岛的邀请函（月影島への招待状，Tsukikage-jima e no shōtaijō）
63 钢琴的诅咒（ピアノの呪い，Piano no noroi）
64 秘密乐谱（残された楽譜，Nokosareta gakufu）
65 烈火中的秘密（業火の秘密，Gōka no himitsu）
66 染血的案件（血染めのボタン，Chizome no botan）
67 名字的秘密（名前の秘密!!，Namae no himitsu!!"）