交通工程学院
交通工程学院是在合肥职业技术学院汽车应用技术系基础上成立的二级学院。目前，学院已与合肥城市轨道交通有限公司签订深度合作协议，校企双主体共建城市交通工程学院。现有汽车检测与维修技术、汽车电子技术、汽车营销与服务、新能源汽车技术、城市轨道交通运营管理、城市轨道交通机电技术等专业。
国家职业教育改革试点专业 : 汽车检测与维修技术 (大客车驾驶方向)
中央财政支持专业：汽车检测与维修技术
省级特专业：汽车检测与维修技术
中韩合作办学专业: 汽车检测与维修技术
省级精品课程：《汽车发动机构造与维修》
校级精品课程：《汽车检测与维修技术》
机电工程学院
机电工程学院是在合肥职业技术学院汽车应用技术系基础上成立的二级学院，并与安徽中显智能机器人有限公司开展“厂中校”校企合作办学模式。现有模具设计与制造、机械设计与制造、电机与电器技术、机电一体化技术等专业。
省级综合改革试点专业：模具设计与制造
校级特专业：机械设计与制造
校级精品课程：《Autocad实用教程》
经贸旅游学院
经贸旅游学院是在合肥职业技术学院经济贸易系的基础上成立的二级学院，拥有安徽好之旅混合所有制学院，并与美国杰克逊维尔大学有“3+1”合作办学项目。现设有会计、旅游管理、药品经营与管理、市场营销、电子商务（跨境电商）、互联网金融等专业。
省级精品专业：会计
省级特专业：旅游管理
中美合作办学专业：会计、市场营销
省级精品课程：《基础会计》
省级示范实验实训中心：会计实验实训中心
校级精品课程：《财务会计》、《成本会计》、《微观经济学》等
信息与电商传媒学院
信息与电商传媒学院是在合肥职业技术学院计算机应用技术系的基础上成立的二级学院，与北京新大陆教育科技有限公司开展混合所有制联合办学，培养物联网应用技术专业人才。学院已形成信息技术、电商物流和艺术设计三大专业，有计算机网络技术、软件技术、物联网应用技术、大数据技术与应用、电子商务、物流信息技术、电信服务与管理、商务数据分析与应用、动漫制作技术、广告设计与制作、数字媒体艺术设计等专业。
国家骨干专业：电子商务、物联网应用技术合肥汽车
全国首批特设特招专业：大数据技术与应用、商务数据分析与应用
省级综合改革试点专业：广告设计与制作
省级特专业：电子商务
建筑工程学院
建筑工程学院是在合肥职业技术学院经济贸易系工程类相关专业的基础上成立的二级学院。目前，学院正在实施第五代建筑实训工厂项目。现有工程造价、建筑工程技术、建筑装饰工程技术、环境艺术设计、建设工程管理等专业。
省级特专业: 工程造价、建筑工程技术
校级特专业：建筑装饰工程技术
省级精品课程：《建筑工程定额与预算》
校级精品课程：《建筑工程定额与预算》、《建筑结构》、《建筑工程制图》、《工程造价管理》、《建筑材料》、《构成基础》等
生物工程学院
生物工程学院是在合肥职业技术学院生物应用技术系的基础上成立的二级学院，先后与上海益丰、合肥百姓缘、安徽青松食品、中徽园林等单位签订战略合作协议，实施订单培养办学模式。现有药学、药品质量与安全、药品生产技术、园林技术、园艺技术、休闲农业、食品加工技术、食品检测技术、环境工程、精细化工技术等专业。
国家骨干专业：药学
省级特专业：药学、园林技术
校级综合改革试点专业：食品加工技术、药品质量与安全
省级精品课程：《分析化学》
校级精品课程：《天然药物学》
护理学院
护理学院是在合肥职业技术学院医学分院的基础上成立的二级学院之一，是国家首批护理专业紧缺人才培养基地，并与陶行知教育基金会和台湾元培医事科技大学等合作，探索专业的信息化、国际化发展。现有护理、助产、老年服务与管理等专业。
国家骨干专业：护理
中央财政支持的实训基地：护理实训基地
省级教学改革试点专业：护理
省级综合改革试点专业：助产
省级精品课程：《妇产科护理》、《母婴保健》、《助产学》、《正常人体结构》、《营养与膳食》、《急救护理》等
校级精品课程：《老年护理》、《护理技术》等
医学院
医学院是在合肥职业技术学院医学分院的基础上成立的二级学院之一，拥有一所二级甲等附属医院（合肥市第八人民医院）。现有临床医学、医学检验技术、医学影像技术、康复技术等专业。
国家骨干专业：医学检验技术
省级特专业：医学检验技术
校级特专业：医学影像技术
校级重点专业：康复技术
省级精品课程：《生物化学》、《免疫学检验技术》、《微生物检验技术》等