移植发动机备案流程如下：
准备所需材料 → 包括车主身份证原件和复印件、车辆更换发动机证明、发动机号拓印件、汽车信息变更申请单、车辆行驶证和驾驶证 →前往车辆登记地的车管所 → 叫号排队，车管所开具验车申请，携带车管所给出的材料和之前准备的材料等待验车 → 进行车辆检测 → 开车到验车场，验车人员会进行车辆检测 → 验车后 → 照相留档，拿着余下的资料和验车处给的封好的档案袋，等照片拿到手后去大厅办理档案变更手续 → 确认信息 → 在大厅内办理新的手续，此时会有新的书、行驶证、身份证原件、暂住证原件。核对证上的信息，防止办理时发生错误。